Nel 2002 il Governo israeliano presieduto da Ariel Sharon delibera la costruzione - tuttora in corso - del Muro, barriera di cemento alta otto metri e lunga oggi oltre 700 km che separa la Cisgiordania da Israele, per proteggere il Paese dagli attentatori palestinesi, nonostante la Corte Internazionale di Giustizia definisca questo atto una violazione del Diritto Internazionale.
A gennaio 2005 Mahmud Abbas - più conosciuto come Abu Mazen – succede a Yasser Arafat. Nell'agosto 2005 il primo ministro Ariel Sharon inizia il suo piano di ritiro unilaterale dalla Striscia di Gaza, cedendo il controllo dell’area all’Autorita’ Nazionale Palestinese:, 8000 coloni e truppe militari lasciano la Striscia di Gaza, mentre Israele mantiene il controllo di valichi e rifornimenti. Continuano intanto le tensioni interne tra Fatah e Hamas.
La vittoria di Hamas – movimento militante islamico – alle elezioni del gennaio 2006 porta alla nomina di Ismail Haniyeh alla carica di Primo ministro. Ma il mancato riconoscimento da parte di Hamas del diritto di Israele a esistere provoca il congelamento dei fondi destinati all'Anp da parte di Israele, Stati Uniti, Canada e Unione Europea.
Nel febbraio 2007 Hamas e Fatah si accordano per un Governo di Unità nazionale guidato da Hamas. Ma già nel giugno successivo l’intesa si scioglie: Hamas prende il controllo della Striscia di Gaza, Abbas forma in Cisgiordania, per decreto, un governo guidato dall'indipendente Fayad.
Dopo una serie di incontri interlocutori, nel novembre 2007 Mahmud Abbas e il primo ministro israeliano Ehud Olmert, durante il summit di Annapolis, convengono di riprendere negoziati di pace da concludersi entro il 2008.
A gennaio 2008 Israele, in risposta al lancio di razzi sulle città israeliane di confine effettuati da militanti radicali vicini ad Hamas, blocca le vie di accesso ai rifornimenti nella Striscia di Gaza aggravando la crisi umanitaria e rendendo più difficili i colloqui di pace nuovamente avviati.
A fine dicembre 2008, senza che siano stati firmati trattati di pace, Israele, in risposta al lancio di razzi di Hamas, invade per tre settimane la Striscia di Gaza. L’offensiva, denominata Cast Lead - Piombo fuso - dura 23 giorni e provoca la morte di 1300 palestinesi.Dopo una tregua dichiarata separatamente e spesso violata da entrambe le parti, attraverso la mediazione egiziana sembra concretizzarsi l’ipotesi di una tregua della durata di un anno almeno, accettata sia da Israele sia da Hamas. La successiva conferenza dei donatori di marzo 2009 a Sharm el Sheikh avvia la fase della ricostruzione.