Il Paese è privo di sbocchi sul mare e il territorio è prevalentemente montuoso (per l'80% ha un'altitudine tra i 600 e i 3.000 m.), dominato dalla catena montuosa dell‘Hindukush, che lo taglia in due parti. Verso nord-est il sistema si salda con i massicci del Pamir e del Karakorum, mentre a sud-est si congiunge con i monti Sulaiman, in cui si aprono i passi di Khyber e Bolan (porte storiche di accesso all'India). L'Hindukush prosegue a ovest con il massiccio del Koh-i-Baba e la catena del Paropamiso fino ai rilievi dell'Iran; più a sud si apre a ventaglio in una serie di catene parallele che digradano verso l'altopiano desertico del Rigestan e verso la depressione salina del Sistan. Nell'estremità settentrionale del Paese si estende una limitata area pianeggiante (la regione del Turkestan afghano lambita dall'Amudar'ja). I principali corsi d’acqua sono l’Amudarja (che scorre lungo il confine con il Tagikistan), il Kabul (affluente dell’Indo), l’Helmand (il più lungo del Paese) e l’Harirud. Fonte mappa Unitexas.
La vegetazione è composta da foreste di cedri, pini e altre conifere che crescono sui rilievi ad altitudini comprese tra i 1.800 e i 3.500 m, mentre sui bassi versanti si trovano arbusti e alberi di nocciolo, pistacchio, ginepro e frassino, così come estese coltivazioni illegali di papaveri (prodotti oppiacei). A quote meno elevate la vegetazione è piuttosto rada, costituita soprattutto da piante erbacee e arbusti. Tra i diversi alberi da frutta che crescono nelle valli vi sono albicocchi, peschi, peri, meli, mandorli e noccioli. Palme da dattero sono presenti nell’estremo sud del Paese, mentre melograni e agrumi nella zona di Kandahar e di Jalalabad. Fonte mappa Fao.
L’Afghanistan è caratterizzato da un clima di tipo continentale arido, da marcate escursioni termiche sia diurne che stagionali, dovute soprattutto alla diffusa presenza di alti rilievi: durante il giorno le temperature possono variare dai 0° delle prime ore del mattino ai 38° di mezzogiorno. Temperature estive (intorno ai 49°) si registrano nelle valli del nord, mentre le medie invernali raggiungono facilmente i -9,4° a quota 2.000 m sui monti dell’Hindukush. A Kabul, situata ad un’altitudine di 1.795 m, gli inverni sono freddi e le estati temperate. Il clima è subtropicale a Jalalabad, mentre a Kandahar è mite. L’Afghanistan è un Paese arido in cui le piogge, più frequenti tra ottobre e aprile, hanno una media annuale di circa 300 mm. Le tempeste di sabbia sono comuni nei deserti e nelle aride pianure. Fonte mappa Fao.
Le precipitazioni sono più significative nel nord e sui rilievi e più abbondanti in inverno e inizio primavera. La maggior parte delle precipitazioni del Paese cade sotto forma di neve sui monti dell'Hindukush: sul Passo Salang si registrano 1100 mm/anno (a oltre 3000 metri). I 500 mm vengono superati solo sulle montagne che si allineano da sudovest a nordest nella parte centro-orientale, mentre il nord e l'est per lo più registrano precipitazioni annue comprese tra 250 e 500. Le zone a ovest e a sud ricevono meno di 250 mm/anno. A Kabul le precipitazioni sono scarse come in quasi tutto il Paese, concentrate comunque tra mesi freddi e prima parte della primavera. Fonte mappa Fao.