Negli anni ‘90 la Cooperazione italiana è stata presente in Indonesia con un intervento complessivo, tra doni e crediti di aiuto, di circa 90 milioni di Euro.
Successivamente al rallentamento determinato dalle restrizioni del nostro bilancio, gli interventi di cooperazione sono ripresi nel 1997, in concomitanza con la crisi economico-finanziaria che ha colpito in quegli anni la regione del Sud-Est asiatico.
In generale, le iniziative della Cooperazione italiana in Indonesia nel periodo successivo al 1997 si sono concentrate su interventi di emergenza nelle aree colpite da calamità naturali (Sumatra) o da conflitti sociali (Molucche e Timor Ovest) e su progetti mirati al sostegno delle PMI operanti in settori economici chiave per la ripresa economica e lo sviluppo del Paese. Nel periodo 1999/2002 sono state inoltre effettuate in Indonesia 4 spedizioni di aiuti alimentari (tramite AGEA), per un valore complessivo di oltre 4 milioni di Euro. Inoltre le risorse derivanti dalla conversione del debito sui crediti d’aiuto, pari a circa 25 milioni di Euro, sono state destinate a favore di progetti di ricostruzione ed assistenza post-tsunami nelle aree di Banda Aceh.